Virasto on kuuluisa tietohallinnon sotkuistaan. Asiointipalvelussa on pitkään ollut toiminto jossa tapahtumat muka [[Allekirjoitus|allekirjoitetaan]], mutta oikeasti siellä ei tapahdu mitään allekirjoitusta. Saati, että siellä olisi mitään tietoa [[eIDAS]]-laatutasoista tai vastaavasta.
Vuonna 2022 nousi kohu kun selvisi, että yritysten hallitusten jäseniä pystyi kuka tahansa vaihtamaan eikä muutosilmoituksia tarkasteta<ref name='kauppalehti-20220110'>[https://www.kauppalehti.fi/uutiset/patentti-ja-rekisterihallitus-on-avoin-osakeyhtion-anastajille/4595bbea-561f-42db-8a2a-88c59df9f385 Patentti- ja rekisterihallitus on avoin osakeyhtiön anastajille] ''Aukko systeemissä. Patentti- ja rekisterihallitus on avannut suojatien jopa yrityksen omistuksen valtaajille, kirjoittaja toteaa.'' Viitattu: 2024-03-25</ref>
Virasto on valittu [[Henkilökortti/Asiointipalveluita|maan surkeimmaksi asiointipalveluksi]].