** TUPAS-taustajärjestelmän toteutus on raskas ja kallis toteuttaa
* '''Julkinen sektori käytännössä ostaa itse tuottamaansa ja hallinnoimaansa tietoa takaisin yksityiseltä sektorilta''' vaikka siihen ei olisi tarvetta. Kyse on merkittävästä verovarojen menetyksestä koska tunnuksia käytetään paljon virkatehtävissä.
* '''TUPAS-tunnisteita huijataan käyttäjiltä tietoverkossa''' koska salasanaan perustuva väline tunnistusväline on mahdollista siirtää tietoverkkoa pitkin.
* '''TUPAS-tunniste ei ole varmenne, sillä ei voi allekirjoittaa sähköisesti''' joka rajaa paljon tärkeitä sähköisen asioinnin käyttökohteita kuten dokumenttien allekirjoitukset ja sähköisen äänestyksen.