Varmennevarastoa ei myöskään tule sekoittaa käyttöjärjestelmän käyttäjästä riippumattomaan varmenteiden tai luotettujen [[Varmentaja|takaajien]] varmenteiden (CA) kokoelmaan, joita saatetaan käyttää taustalla toimivien ohjelmien toimesta. Ne yleensä eivät näy käyttäjälle ja toimivat taustalla huomaamatta.
Esimerkkejä varmennevarastoista: Windowsin Certificates/Management console (''certmgr.msc''), macOS [[Keychain]], Linux [[NSS]], KDE [[Kleopatra]] ja Gnome [[Seahorse]]. Näistä Windowsin varasto toimii parhaiten (2021-03).
== Katso myös ==
* [[Varmenne]]
* [[Varmennehakemisto]]